Bactéries, parasites et virus pathogènes dans le passé

Des questions et des sources multiples

S’intéresser au phénomène infectieux dans le passé recouvre une large diversité de problématiques, depuis l’évolution moléculaire et la diffusion de tel ou tel agent pathogène, jusqu’aux conséquences sanitaires sur les communautés anciennes l’ayant expérimenté, leur compréhension du phénomène et leurs éventuelles tentatives d’y faire face. Cela concerne aussi les conditions environnementales et les interactions ayant rendu ces phénomènes possibles, ce qui peut inclure les activités humaines.

Le papyrus d’Ebers découvert en Égypte au 19ème siècle et aujourd’hui conservé à la Bibliothèque Universitaire de Leipzig en Allemagne, et daté du 16ème siècle avant notre ère, est l’un des plus anciens traités médicaux connus. Photo : Science in Ancient Egypt

Les sources qu’il est possible de mobiliser sont tout aussi diversifiées : traités médicaux anciens et chroniques relatant la survenue d’une épidémie, registres paroissiaux mentionnant les causes de décès, vestiges archéologiques comme la diffusion des léproseries au Moyen-Âge, biorestes macroscopiques fossiles ou subfossiles comme des ossements, biorestes microscopiques comme des formes de résistance parasitaire, ou moléculaires comme des coproantigènes ou des fragments d’ADN signant la présence d’un agent infectieux en particulier dans l’échantillon considéré.

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Infections et transition démographique au Néolithique en Europe

Une maison du Néolithique de type Danubienne, notamment observée dans le nord de la France. Illustration de Laurent Juhel, 2007, pour le site de l’INRAP.

La transition démographique du Néolithique (souvent abrégée NDT) est une hypothèse largement documentée (et popularisée me semble-t-il). Celle-ci suppose qu’une croissance relativement soudaine de la population humaine dans la première moitié de l’Holocène a été causée, en différentes régions du monde, par l’adoption d’un nouveau mode de vie, sédentaire et agricultural, depuis un mode de vie auparavant nomade, reposant sur la chasse et la cueillette. Cette transition d’un mode de subsistance à l’autre a été propice à l’accroissement du taux de natalité et de la population générale dans les foyers de néolithisation répartis sur plusieurs continents. Dès lors, cette transition démographique a elle-même été propice aux migrations de populations agricultrices et/ou à leur culture vers des régions vierges ou encore peuplées de chasseurs-cueilleurs (Bellwood et Oxenham, 2008).

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La peste : une pandémie millénaire

En 2015, une équipe de l’université de Copenhague a étudié les restes de 101 individus eurasiatiques  issus de différentes aires culturelles de l’Âge du bronze d’Europe et d’Asie centrale (Allentoft et al., 2015). Afin de mieux cerner la diversité et les dynamiques populationnelles de cette époque (3000 à 1000 ans avant notre ère), les chercheurs ont extrait l’ADN présent dans les dents de ces individus de manière non sélective, c’est-à-dire en ne se limitant pas à l’ADN humain qui était leur premier objectif.  Entre autres, il était donc possible de s’intéresser aux éventuelles traces de pathogènes qui auraient pu infecter ces individus.

Après avoir épluché les données extraites, les chercheurs ont ainsi pu mettre en évidence la présence inattendue du germe de la peste, la bactérie Yersinia pestis, et ce à une fréquence particulièrement élevée puisqu’il était détecté chez 7 individus sur 101 (Rasmussen et al., 2015). Cette découverte fortuite était per se extrêmement intéressante, mais l’analyse des génomes allait l’être plus encore. Lire la suite